Theo yêu cầu của Chúa Trịnh, chiến thuyền của Công ty Đông Ấn Hà Lan đã tiến vào cảng cửa Eo (Thuận An). Đoàn thuyền của người Hà Lan được chia làm hai nhóm:

• Nhóm 1 gồm 5 chiến thuyền là các chiếc Wakende Boei (do Johannes Lamotius chỉ huy), Kievit, Zeeuwsche Nachtegael (do Jean Lamotte chỉ huy), Zanvoort và Meerman (do Isaac Davids chỉ huy) tiến thẳng ra Đàng Ngoài để hội quân với chúa Trịnh.
• Nhóm 2 gồm ba chiến thuyền Wijdenes do Pieter Baeck chỉ huy, Waterhond do Jan Erntsen chỉ huy và Vos. Nhóm này do gió bão đánh dạt mà tình cờ chạy về phía cảng Eo của Đàng Trong thay vì ra Đàng Ngoài.

Ngày 3 tháng 6 cả hai đoàn đều cùng xuất phát từ Batavia nhờ gió Nồm tiế lên. Ở phía Bắc, chúa Trịnh Tráng cũng đem đại binh Đàng Ngoài tới hơn 100.000 người có cả vua Lê đi cùng với Issac Davids tham gia trận chiến. Cả hai đoàn quân giao ước sẽ gặp nhau tại sông Gianh.